Aus Rom kehrte Marie Ellenrieder im April 1825 nach Konstanz zurück und malte in den folgenden Jahren weitere Altarbilder für katholische Kirchen. 1827 erhielt sie schließlich vom badischen Großherzog Ludwig den Auftrag für die Kirche St. Stephan in Karlsruhe das Bild des Hauptaltars zu malen. Ebenfalls 1827 erhielt sie die Medaille für Kunst und Wissenschaft des Badischen Kunstvereins.
1829 ernannte der badische Großherzog sie dann zur Badischen Hofmalerin, was mit einem jährlichen Ehrensold von 300 Gulden verbunden war. Später wurde der Sold – die Künstlerin hatte darum gebeten – auf 500 Gulden erhöht. Dafür musste sie nun aber jährlich ein “Pflichtbild” in Karlsruhe abliefern.
Ihre Aufträge führten Marie Ellenrieder nach Zürich, Schaffhausen, Basel, Donaueschingen, Sigmaringen und Karlsruhe. Sie konnte meist gut von ihrer Kunst leben und gönnte sich gemeinsam mit ihrer Schwester Josefine Urlaube und Kuraufenthalte. Auch eine zweite Reise nach Rom unternahm sie in den Jahren 1838-1840 gemeinsam mit ihrer Schwester.
In den letzten beiden Jahrzehnten ihres Lebens wurde Ellenrieder immer häufiger von Krankheiten geplagt, arbeitet aber immer noch mehrere Stunden täglich und schuf in ihren letzten Jahren noch viele Werke. Sie starb am 5. Juni 1863 im Alter von 72 Jahren in ihrem Geburtshaus vermutlich an den Folgen einer Lungenentzündung.